Am 22. Oktober 1713, während der letzten großen Wiener Pestepidemie, gelobte Kaiser Karl VI. ⓘ im Stephansdom, eine Kirche für seinen Namenspatron Karl Borromäus zu bauen, der auch als Pestheiliger gilt. Durch das kaiserliche Versprechen sollte die Pest von der Stadt abgewendet werden. Sie gehört daher zum Typus der Votivkirchen.
In Auftrag gegeben von Kaiser Karl VI., wurde sie von Johann Bernhard Fischer von Erlach ⓘ als zentrale Verbindung zwischen Rom und Byzanz gestaltet. So lehnt sie sich an das Erscheinungsbild der Hagia Sophia ⓘ an und imitiert die Trajanssäule.
Nach Fischers Tod 1723 wurde der Bau von seinem Sohn Joseph Emanuel bis 1739 fertiggestellt.
Borromäus ist Schutzpatron der Universität Salzburg sowie der Seelsorger und Priesterseminaristen. Er wird bei Pestepidemien angerufen.
Um die beiden Triumphsäulen winden sich Spiralreliefs mit Darstellungen aus dem Leben des heiligen Karl Borromäus ⓘ.